A Paróquia São Cristóvão tem fundação recente. Foi desmembrada da Paróquia São Antonio da Catedral. A comunidade Católica iniciou nos anos 60, atendida inicialmente pelos Padres Diocesanos da Paróquia Santo Antonio. Pe. Canísio Henz foi quem começou a atender a região, ajudado depois por Pe. Livino Blanger e Pe. Jandir Santin. Foi construido um salão de madeira, que serviu para as celebrações.

Pe. Canísio trouxe da catedral a imagem de São Cristóvão, que passou a ser o padroeiro da comunidade, em vista do grande número de motoristas existentes na região. Inicialmente o bairro era denominado Aeroporto, por estar próximo ao aeroporto municipal. Depois passou a ser chamado São Cristóvão, por influência do nome do padroeiro. A festa do padroeiro passou a ser realizada com procissão motorizada e benção dos veículos.

Devido a instalação de várias industrias do agronegócio na região do São Cristóvão, aumentou muito a população, levando a Diocese a pensar na criação de uma paróquia. Na falta de clero diocesano disponível, o Bispo D. José entregou a futura paróquia à Congregação dos Missionários do Sagrado Coração. A infraestrutura da mesma foi preparada desde 1977 pelo Pe. Luiz Gardinal MSC. A criação oficial deu-se aos 06 de novembro de 1977 pelo Bispo D. José Gomes. Aos 26 de março de 1978 já era nomeado seu novo pároco, padre João Zangerle e seu Vigário Cooperador, o padre Alfredo Niedermaier. A nova paróquia abrangia dezoito comunidades.

No final da década de 90, por falta de padres, a Congregação dos Missionários do Sagrado Coração de Jesus resolveu devolver a paróquia à Diocese, fechando inclusive seu Seminário Menor em Chapecó. A paróquia passou novamente ao clero secular. Em janeiro de 1998 foi nomeado como pároco o Pe. Egídio Balbinot. Seguiram-se a ele o Pe. Vanderlei Festner, em 2003; e o Pe. Dorvalino Belegante, de 2004 até fins de janeiro de 2009.

A organização da paróquia é feita por setores de Pastoral. Em vista da extensão e da densidade populacional, foi organizada uma Região Pastoral autônoma na região da grande EFAPI, nos moldes das Regiões Pastorais da Paróquia Santo Antônio da catedral. A vinda do Pe. Valter Fiorentin para a paróquia, a partir de julho de 2007, fez com esse projeto fosse concretizado.

A criação da Paróquia aconteceu em plena vigência do movimento do Vaticano II, às vésperas de Puebla. Foram os tempos das lutas pela terra, da conscientização dos agricultores, da participação dos cristãos nos grupos de reflexão. Leigos/as liberados/as deram vigoroso impulso a várias pastorais. Merece destaque a atuação do Pe. Francisco Rellou, que amou profundamente o povo e escolheu o cemitério da Linha Tomazelli como sua última morada. Sua visão pastoral comprometida, sem dúvidas, marcou os rumos na caminhada paroquial.

Atuação relevante na Pastoral tiveram também as Irmãs Franciscanas de Maria Auxiliadora, com duas comunidades inseridas na periferia da região, a partir de 1988. A preocupação era trabalhar com a população mais carente. Várias delas foram liberadas para atuar na formação de comunidades, na preparação de lideranças e nos diferentes serviços e pastorais da paróquia.

Conforme o senso do IBGE, do ano 2000, aproximadamente 60.000 habitantes viviam na paróquia São Cristóvão, além dos 4.700 habitantes do munícipio de Guatambu, também pertencente a esta Paróquia.